Titre du projet
« Diversité et Evolution des Biofilms Microbiens face aux multi-pollutions par des Micropolluants émergents en Méditerranée (DEBi2Micro) »
Projet (EC2CO - ECODYN MICROBIEN) financé par le CNRS
Porteur de Projet
Dr. Carmen Palacios Contact
MCF fixe : 0468662083
Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements méditerranéens (CEFREM)
UMR 5110 CNRS-UPVD portable : 0686627825
Situé à l’interface entre hydrologie, géochimie et écologie, DEBi2Micro est un projet innovant visant à décrire l’évolution des communautés microbiennes de procaryotes attachées aux particules de la matière en suspension (MES) sous l’effet des variations de flux toxiques observées dans les fleuves côtiers méditerranéens à régimes contrastés (crue/étiage). Ces derniers alternent périodes d’étiage importantes et épisodes pluvieux de forte intensité entrainant des « crues-éclair » qui accentuent les phénomènes de forçages anthropiques multiples. Les matières solides en suspension transportées par les fleuves pendant les crues représentent ainsi un vecteur de pollution de la terre vers la mer qui menace la qualité de l’eau en général et les services écosystémiques en particulier. Comprendre l’impact de ce stress environnemental chronique sur les biofilms microbiens de la MES contribuerait à lever un important verrou scientifique. Nous proposons ainsi de réaliser, pour la première fois, une évaluation des changements induits par les forçages anthropiques multiples lors des régimes contrastés étiage/crues sur la diversité structurelle et fonctionnelle des populations microbiennes - bactéries et archées - associées à la charge particulaire et reconnues par la Directive Cadre européenne sur l’Eau (DCE) comme un des compartiments biologiques prioritaires.
Le site expérimental retenu est la Têt, principal fleuve des Pyrénées Orientales (Figure ci-contre), représentatif du fonctionnement des fleuves côtiers de la Méditerranée. Il bénéficie d’une instrumentation pérenne sous la forme de la station d’observation POEM-L2R (Plateforme d’Observation de l’Environnement Méditerranéen - Littoral Languedoc-Roussillon) rattachée au SOERE MOOSE. Outre les principaux paramètres physico-chimiques de l’eau, les sels nutritifs et la matière organique particulaire (MOP), nous nous intéresserons principalement au comportement des éléments traces métalliques et des micropolluants émergents (pesticides et résidus médicamenteux). L’échantillonnage sera réalisé sur 2 années consécutives, en 2016 et 2017, lors des étiages et des crues au niveau de sites contrastés d’un point de vue écosystémique. Un suivi à haute fréquence sera également effectué sur le site le plus impacté lors des phases de crues. Pour l’analyse des changements structurels et fonctionnels au sein des communautés microbiennes, nous utiliserons deux méthodes de séquençage massif (Next Generation Sequencing - NGS), à savoir, la métagénomique ciblée pour la diversité structurale et la métatranscriptomique pour la diversité fonctionnelle. Ces méthodes sont particulièrement adaptées à l’étude de la biodiversité environnementale. La thématique principale de DEBi2Micro au sein de l’AO2016 EC2CO s’inscrit ainsi dans les actions ECODYN et Microbien.
