Elsa Amilhat


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Tél: 04 68 66 21 86

 

Cursus :

2002-2006 : Doctorat en Sciences (PhD). Université de Londres, Imperial College, département de Biologie, Royaume-Unis. Titre : Fisheries Ecology of Rice Farming Landscapes : Self-Recruiting Species in Farmer Managed Aquatic Systems. Directeur de Thèse : Dr. Kai Lorenzen.

1999-2000 : D.E.A d'Océanologie Biologique et Environnement Marin, option paramétrisation et modélisation. Université Pierre et Marie Curie (Paris 6).

1998-1999 : Diplôme d'Etudes Supérieures (DES, correspond à une année de recherche). Co-inscription Université de Paris 6 et EPHE de Perpignan.

1997-1998 : Maîtrise de Biologie des Populations et des Ecosystèmes – option écologie marine. Université Paris 6.

 

Thèmes de Recherche :

2007-2013 : Etude des sous-populations d’anguilles européennes des lagunes méditerranéennes : recrutement, croissance et échappement. Qualité sanitaire des futurs géniteurs. Réponses physiologiques de l’anguille face aux contaminants chimiques et biologiques.

2001-2006 : Etude des espèces aquatiques capables de recruter naturellement dans les rizières du Sud-Est Asiatique.

 

Soutiens financier :

2009-2013 : Projet ANR CIEL / Autres ponctuels : inventaire poisson DCE, DREAL Rhône Alpes, Ministère de l’agriculture, Ministère de l’écologie.

2007-2009. Post-doctorat Ifremer

2001-2005 : Projet DFID SRS

 

Expériences professionnelles :

2013 : CDD chargé de recherche CNRS UMR 5110, CEFREM, Perpignan; CDD Ingénieur de recherche Université UMR 5110.

2009-2012 : CDD Ingénieur de recherche CNRS UMR 5110, CEFREM, Perpignan

2007-2009 : Post-Doctorat Ifremer, Laboratoire Ressources Halieutique, Sète. Responsable : Henri Farrugio

2006-2007 : Vacataire, rédaction d’une synthèse bibliographique et création d’une base de données sur l’état sanitaire de l’anguille européenne dans le bassin Rhône Méditerranée et Corse. Laboratoire de Biologie et d’Ecologie Tropicale et Méditerranéenne, UMR 5244 CNRS-EPHE-Université de Perpignan.CDD financé par la fondation Sansouire et le Cépralmar. Responsables : Dr. P. Sasal et N. Dupré.

2004-2005 : Coordinatrice/consultante pour le projet de dissémination des résultats du projet “Self-Recruiting Species (SRS) in Aquaculture, their role in rural livelihood” dans le sud-est asiatique. Projet financé par le DFID(Département anglais pour le développement international), Royaume-Unis

2001-2004 : Coordinatrice du projet financé par le DFID : “Self-Recruiting Species (SRS) in Aquaculture, their role in rural livelihood”.AIT (Asian Institute of Technology), Bangkok, Thaïlande.

1998-1999 : Assistante au projet ICLARM (International Center for living Aquatic Resources Management) de réserve marine de la baie de Discovery en Jamaïque. Identification et recensement des populations de poissons. Station marine de Discovery Bay, Jamaïque. Responsable : Dr. J. Munro.

 

Participation à des groupes d’expertise :

2012 : WGEEL (Working Group on Eels) au Conseil International pour l’Exploration de la Mer (CIEM) ; Conseil National Anguille (CNA) pour le rapportage du Plan de Gestion Anguille (PGA) national.

2011 : En charge de la rédaction du protocole de relâcher des anguilles argentées pour le Ministère de l’agriculture, de l’alimentation, de la pêche, de la ruralité et de l’aménagement du territoire.

2011 : Participation au workshop international pour la calibration de la lecture d’âges des anguilles européennes et américaine (WKAREA2 : Workshop on Age Reading of European and American Eel, 22-24 Mars, CEMAGREF, Bordeaux).

2009 : Participation au groupe de travail GRISAM (GRoupe d'Intérêt Scientifique pour les AMphihalins) pour la rédaction des PGA.

Depuis 2008 : participation aux commissions techniques du Comité de Gestion des Poissons Migrateurs (COGEPOMI) Rhône Méditerranée et Corse.

 

Techniques :

-Traitement statistique : analyses multivariées (SPSS, Statistica, R)

-Modélisation dynamique de population (Matlab)

-Otolithométrie : ponçage (résine), lecture, analyse d’image et de forme (Visilog), croissance, marquage alizarine

-Zootechnie : Elevage de civelles pendant 1.5 an, élevage de poissons tropicaux, cycle du parasite Anguillicoloides crassus

-Biologie Moléculaire : amplification par PCR (Polymerase Chain Reaction), reverse transcriptase (RT-PCR), PCR en temps réel.

-Recherche Participative pour la gestion des ressources aquatiques

-Gestion d’un site internet (ANR CIEL)

-Bureautique (Word, Excel, PowerPoint)

-Langues : Anglais : lu, parlé et écrit

-Autres : Niveau II de plongée FFESSM, Permis B, PSC1

 

Expérience en mer :

2010 : Campagne océanographique de 13 jours à bord du l’Hakuho Maru, dirigée par le JAMSTEC (Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology). Campagne initiée par l’institut océanographique de Tokyo ayant pour objectif la recherche du site de ponte des anguilles (du genre Anguilla) vivant dans la partie ouest de l’Océan Indien. Utilisation d’une sonde CTD et de filets type IKMT. Participation aux tris journaliers et à la dissection de poisson pour l’étude de la biodiversité des parasites des poissons mésopélagiques.

 

Participation aux programmes de recherche :

  • ANR CIEL (2009-2012) Contaminants et Interactions au sein des Ecosystèmes Lagunaires
  • Européen, EELIAD (2008-2012) : European EeL, Investigation and Assessment of their Decline
  • Inventaire faunistique sur les lagunes dans le cadre de la DCE (2010-2011)
  • Projet DFID : SRS (Self-Recruiting-Species in aquaculture-their role in rural livelihoods) (2000-2006)

 

Co-encadrement d’étudiants à l’Université de Perpignan:

Tiavouane Josina, Master 1 Recherche Développement, Interactions et Evolution du Vivant. 2010. Etude de la durée de vie larvaire d’un poisson introduit dans l’archipel Hawaiien : Approche otolithométrique.

Lagarde Nicolas, Master 1 Biologie, Chimie, Environnement, Spécialité professionnelle Biodiversité et Développement Durable. 2010. Macrofaune parasitaire, épidémiologie et impact sur la condition de l'anguille européenne Anguilla anguilla en milieu lagunaire (données 2009).

Bideau Marjorie, Master 2 Biologie, Chimie, Environnement, Spécialité professionnelle Biodiversité et Développement Durable. 2010. Réponses physiologiques de l'anguille Européenne (Anguilla anguilla) face à un contaminant biologique : Anguillicoloides crassus et un polluant inorganique : le sulfate de cuivre.

Salles Océane, Master 1 Biologie, Chimie, Environnement, Spécialité professionnelle Biodiversité et Développement Durable. 2011. Macrofaune parasitaire, épidémiologie et impact sur la condition de l'anguille européenne Anguilla anguilla, en milieu lagunaire (données 2009 et 2010).

Lozupone Xavier, Master 1 Biologie, Chimie, Environnement Spécialité professionnelle Biodiversité et Développement Durable. 2011. Discrimination de sous-populations locales d'anguilles européennes par analyse otolithométrique et influence des stress environnementaux.

 

Publications de Rang A:

 

8. E. Amilhat, G. Fazio, G. Simon, M. Manetti, S. Paris, L. Delahaut, H. Farrugio, R. Lecomte-Finiger, P. Sasal, E. Faliex.(in press) Silver European eels health in Mediterranean habitats. Ecology of Freshwater Fishes

7. Lorin-Nebel C., Felten V., Blondeau-Bidet E., Grousset E., Amilhat E., Simon G., Biagianti S., Charmantier G., 2013. Individual and combined effects of copper and parasitism on osmoregulation in the European eel Anguilla anguilla. Aquatic Toxicology, 130-131: 41-50.

6. Galinier, R., van Beurden, S., Amilhat, E., Castric, J., Schoehn, G., Verneau, O., Fazio, G., Allienne, J.F., Engelsma, M., Sasal, P. & Faliex, E. 2012. Complete genomic sequence and taxonomic position of eel virus European X (EVEX), a rhabdovirus of European eel. Virus Research 166: 1-12.

5. Amilhat E., Lorenzen K., Morales EJ., Yakupitiyage A., Little DC. 2009. Fisheries production in Southeast Asian farmer managed aquatic systems (FMAS) I. Characterisation of systems. Aquaculture. 296, 219-226

4. Amilhat E., Lorenzen K., Morales EJ., Yakupitiyage A., Little DC. 2009. Fisheries production in Southeast Asian farmer managed aquatic systems (FMAS) II. Diversity of aquatic resources and management impacts on catch rates. Aquaculture. 298, 57-63

3. Amilhat E., Farrugio H., Lecomte-Finiger R., Simon G., Sasal P. 2008. Silver eel population size and escapement in a Mediterranean lagoon: Bages-Sigean, France. Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems. 05, 390-391.

2. Morales EJ., Little DC., Immink AJ., Demaine H., Yakupitiyage A., Amilhat E., Lorenzen K. 2006. Project report: Contribution of self-recruiting species produced in farmer-managed aquatic systems in rural areas of Southeast Asia to food consumption. Journal of Food Composition and Analysis. 19 (Special issue – Biodiversity and nutrition: a common path), Issues 6-7, 759.

1. Amilhat E. and Lorenzen K. 2005. Habitat use, migration pattern and population dynamics of chevron snakehead Channa striata in a rainfed rice farming landscape. Journal of Fish Biology.67 (Supplement B), 23-34.

 

 

Autres publications :

Amilhat E., Feunteun E., Simon G., Faliex E., Crivelli A., Lecomte R., Chassanite A., Sasal P. and Farrugio H., (2012). Protocole de relâcher d’anguilles argentées en Méditerranée française. 14pp.

Amilhat E., Simon G., Chassanite A. and Faliex E., (2012) Suivi scientifique de l’étude pilote de relâchers d’anguilles argentées en Méditerranée – Nov-Déc 2011 - Résultats préliminaires. 13pp.

Amilhat E., Chassanite A., Faliex E. (2012) Appui scientifique pour le recueil, l’analyse et l’exploitation scientifique des données de pêche des anguilles sur les lagunes méditerranéennes. Rapport 6pp.

 Amilhat E, Faliex E, Simon G, Bideau M, Lecomte R. (2010) Rapport de terrain. Etat des lieux des peuplements piscicoles dans les eaux de transition du bassin Rhône Méditerranée et Corse. Cas de la lagune de Bages-Sigean. Campagne d’automne 2010. 10 pp.

Faliex E., Amilhat E., Lecomte-Finiger R., Fazio G. (2009) Protocoles de suivi de l’échappement et de la qualité sanitaire des anguilles argentées (Anguilla anguilla) en Méditerranée - Cas du bassin versant de la lagune de Bages-Sigean. Rapport Grisam. CBETM, Université de Perpignan. 65p.

Amilhat E. 2007. Etat sanitaire de l’anguille européenne Anguilla anguilla dans le bassin Rhône Méditerranée et Corse : synthèse bibliographique. Rapport Pôle lagunes et Cépralmar. CBETM, Université de Perpignan. 88pp.

Amilhat E., Morales EJ., Immink AJ., Little DC., Lorenzen K., Islam UI. and Karapanagiotidis I. 2005. Self-Recruiting Species (SRS) from farmer managed aquatic systems: their role in rural livelihoods. Summary report. DFID Aquaculture and Fish Genetics Research Programme. 13 pp.

Amilhat E. 2006. Fisheries Ecology of Rice Farming Landscapes : Self-Recruiting Species in Farmer Managed Aquatic Systems. PhD Thesis. Biology Division, Imperial College of Science, Technology and Medicine, London, 184pp.

 

Communications orales lors de conférences internationales:

Amilhat E., Farrugio H., Sasal P., Lecomte R., Simon G., Manetti M., Morat F., Cartault F., Paris S. Characterisics of silver eel sub-stocks of two Mediterranean lagoons : Bages-Sigean and Canet-St-Nazaire. Journées anguilles du GRISAM (Rennes). Juin 2008

Amilhat E., Lorenzen K., Kamsaentae S., Maneerat B., Viriyaphap T., Wongpen S., Choorerd P., Yakupitiyage A., Turongruang D. Habitat use, migration pattern and population dynamics of snakehead Channa striata in a rainfed rice farming landscape. British Ecological Society (BES) Annual Meeting (Grande Bretagne) Septembre 2005.

Amilhat E., Lorenzen K., Kamsaentae S., Maneerat B., Viriyaphap T., Wongpen S., Choorerd P., Yakupitiyage A., Turongruang D. Habitat use, migration pattern and population dynamics of snakehead Channa striata in a rainfed rice farming landscape. Fisheries Society of the British Isles (FSBI) Annual International Symposium (Bangor, Grande Bretagne) Juillet 2005.

Amilhat E., Lorenzen K., Kamsaentae S., Maneerat B., Viriyaphap T., Wongpen S., Choorerd P., Yakupitiyage A., Turongruang D. Migration pattern and population dynamics of Channa striata in the rainfed rice farming landscape of Northeast Thailand”. 7th Asian Fisheries Forum (AFF) (Penang, Malaisie). Décembre 2004.

 

Autres communications orales

Amilhat E., Faliex E., Simon G., Lecomte R. L’anguille de Méditerranée, caractérisation des stocks. Journées de la Société Française d’Ichtyologie (SFI), Perpignan, mai 2013.

Bareile G., Tabouret H. , Riou A., Amilhat E., Pothin K., Martin J., Pecheyran C., Berail S., Keith P., Chabanet P. , Tesier E., Lecomte-Finiger R. L’histoire de vie des poissons vue sous l’angle de la microanalyse chimique des otolithes (Sr : Ca, Ba : Ca, 87Sr : 86Sr) : intérêt de la connaissance de la géochimie des milieux aquatiques. Ve Rencontres de l’Ichtyologie en France, Paris, mars 2012.

Amilhat E. Synthèse sur l’état sanitaire de l’anguille européenne Anguilla anguilla dans les basins Rhône Méditerranée et Corse. Réunion du Cogepomi (Cépralmar, Montpellier, France) Mai 2007.

Amilhat E. Fisheries ecology in rice farming landscapes. Ecological Management Seminar Series (Imperial College, Silwood park, Grande Bretagne) Octobre 2005.

 

Posters exposés lors de conférences internationales:

Amilhat E., Fazio G., Simon G., Manetti M., Paris S., Sasal P., Farrugio H., Lecomte-Finiger R., Faliex E. European silver eel health status in Mediterranean habitats: contribution to the spawning stock. 6th World Fisheries Congress, Edinburgh, Ecosse, mai 2012.

Acou A., Virag L., Reveillac E., Wickström H, Poole R., Becerra-Jurado G., Righton D., Aarestrup K., Belpaire C., Boisneau C., Walker A., Amilhat E., Lobón-Cerviá J. & Feunteun E. How to age silver eels without excluding other analyses ? 6th World Fisheries Congress, Edinburgh, Ecosse, mai 2012.

Bevacqua, D., Capoccioni, F., Aarestrup, K., Acou, A., Amilhat, E., Andersson, J., Birzaks, J., Ciccotti, E., Clevestam, P.,Crivelli, A., Davies, G. D, de Graaf, M., Dekker, W., Domingos, I., Durif, C., Esteve, C., Evans, D., Feunteun, E., Gargan , P., Godfrey, J. D., Lobon Cervia, L., Nagel, F., Nermer, T., O’Leary, C., Pedersen, M., Poole, R., Réveillac, Ridgway, C., E., Sjöberg, N., Virag, L., Walker, A., Wariaghli, F., Wickström, H., Williams, C., Yahyaoui A. and Aprahamian, M. Spatial and temporal variation in the size and age at maturity for the European eel (Anguilla anguilla). 6th World Fisheries Congress, Edinburgh, Ecosse, mai 2012.

Faliex E., Amilhat E., Feunteun E., Righton D., Virag L., Acou A., Wickström H., Aarestrup K., Belpaire C., Walker A., Godard M., Gardan P., O’Leary C., Poole R., Lobón-Cerviá J., Sasal P. First Europe-wide study on the occurrence and impact of the swimbladder nematode Anguillicoloides crassus in silver eels. 6th World Fisheries Congress, Edinburgh, Ecosse, mai 2012.

E. Amilhat, E. Faliex, L. Virag, A. Acou, E. Feunteun, D. Righton, H. Wickstrom, K. Aarestrup, C. Belpaire, A. Walker, R. Poole, J. Lobon Cervia, P. Sasal. First european extensive study on silver eels (Anguilla anguilla) infected by the pathogenic invasive nematode, Anguillicoloides crassus. 8th International Symposium on Fish Parasites, Vina del mar, Chili, Sept. 2011.

M. Vignon, E. Amilhat, G. Fazio, G. Simon, R. Lecomte-Finiger, P. Sasal, E. Faliex. Does invasive parasites act as confounding effect on stock discrimination in European silver eel? ICOPA XII, Melbourne, Australie, août 2010.

Amilhat E., Fazio G., Simon G., Farrugio H., Lecomte-Finiger R., Sasal P., Paris S., Faliex E.Anguilla anguilla, an emblematic species, rapporteur of the environmental status of the Mediterranean lagoons. 4th European Conference on Coastal Lagoon Research, Montpellier, France, Dec. 2009.

Amilhat E., Farrugio H., Lecomte-Finiger R., Simon G., Sasal P., Paris S. Quantitative and qualitative aspects of silver eel escapement in Mediterranean lagoons, Approche Systémique des pêches – Ecosystem Approach to Fisheries. Boulogne sur Mer, France, Nov. 2008.

Amilhat E., Lorenzen K. Self-Recruiting Species Ecology and management, 7th Asian Fisheries Forum (AFF) Penang, Malaisie. Déc. 2004.

 

Vulgarisation scientifique:

Journée mondiale des zones humides, Leucate (Février 2013).

Fête de l’Etang , Canet-St-Nazaire (juin 2012 et mai 2011)

Semaine de l’environnement, Perpignan (mars 2010)

Journée mondiale des zones humides, Canet-St-Nazaire (2008).

Année du riz, exposition « Fields of Fish », Eden project, Cornwall, Grande Bretagne (Août 2004).

 


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